การศึกษาในหนูยังแนะนำว่าชิคุนกุนยาหลบเลี่ยงการป้องกันของโฮสต์และตอบโต้การตอบสนองของอินเตอร์เฟอรอนประเภท I โดยการผลิต NS2 ซึ่งเป็นโปรตีนที่ไม่มีโครงสร้างที่ย่อยสลายRBP1และปิดความสามารถของเซลล์โฮสต์ในการถอดความ DNA NS2 รบกวน เส้นทางการ ส่งสัญญาณ JAK-STATและป้องกันไม่ให้STATกลายเป็นphosphorylated ในระยะเฉียบพลันของชิคุนกุนยา ไวรัสมักจะแสดงอยู่ในบริเวณที่มีอาการ โดยเฉพาะกล้ามเนื้อโครงร่าง และข้อต่อ ในระยะเรื้อรัง แนะนำว่าการคงอยู่ของไวรัส (ร่างกายไม่สามารถกำจัดไวรัสได้ทั้งหมด) การขาดการกวาดล้างแอนติเจนหรือทั้งสองอย่าง ทำให้เกิดอาการปวดข้อ การตอบสนองต่อการอักเสบทั้งในระยะเฉียบพลันและเรื้อรังของโรคเป็นผลมาจากปฏิสัมพันธ์ระหว่างไวรัสกับโมโนไซต์และแมคโครฟาจ โรค ไวรัส ชิคุนกุนยา ในมนุษย์มีความสัมพันธ์กับระดับไซโตไคน์และคีโมไคน์เฉพาะใน ซีรั่มที่สูงขึ้น. ไซโตไคน์ที่จำเพาะในระดับสูงเชื่อมโยงกับโรคเฉียบพลันที่รุนแรงกว่า: อินเตอร์ลิวคิน-6 (IL-6), IL-1β , RANTES , โมโนไซต์ คีโมแอทแทรกแตนท์โปรตีน 1 (MCP-1), โมโนไคน์ที่ถูกเหนี่ยวนำโดยแกมมาอินเตอร์เฟอรอน (MIG) และอินเตอร์เฟอรอน โปรตีนที่เหนี่ยวนำด้วยแกมมา 10 (IP-10) ไซโตไคน์ยังอาจนำไปสู่ โรค ไวรัสชิคุนกุน ยาเรื้อรัง เนื่องจากอาการปวดข้อแบบถาวรมีความสัมพันธ์กับระดับ IL-6 และปัจจัยกระตุ้นอาณานิคมของแกรนูโลไซต์-มาโครฟาจ (GM-CSF) ในระดับสูง