ความสามารถในการบอกเวลาที่แม่นยำของนาฬิกาอะตอมยังใช้สำหรับการนำทางโดยเครือข่ายดาวเทียมเช่นโครงการกาลิเลโอของสหภาพยุโรป และ GPSของสหรัฐอเมริกา ความแม่นยำในการบอกเวลาของ นาฬิกาอะตอม ที่เกี่ยวข้องมีความสำคัญเนื่องจากยิ่งข้อผิดพลาดในการวัดเวลาน้อยลง ข้อผิดพลาดในระยะทางที่ได้รับจากการคูณเวลาด้วยความเร็วแสงก็จะยิ่งน้อยลงเท่านั้น (ข้อผิดพลาดในการจับเวลาระดับนาโนวินาทีหรือ 1 พันล้านวินาที ( 10 −9หรือ1 ⁄ 1,000,000,000วินาที) แปลเป็นระยะทางเกือบ 30 เซนติเมตร (11.8 นิ้ว) และด้วยเหตุนี้ตำแหน่งจึงคลาดเคลื่อน) นาฬิกาอะตอมประเภทต่างๆ หลักๆ ใช้อะตอมซีเซียมทำให้เย็นลงจนถึงอุณหภูมิที่เข้าใกล้ศูนย์สัมบูรณ์ นาฬิกาน้ำพุซีเซียมของสถาบันมาตรฐานและเทคโนโลยีแห่งชาติสหรัฐอเมริกา ( National Institute of Standards and Technology หรือ NIST) ชื่อ NIST-F2วัดเวลาด้วยความไม่แน่นอน 1 วินาทีใน 300 ล้านปี (ความไม่แน่นอนสัมพัทธ์10 −16 ). NIST-F2 เผยแพร่ทางออนไลน์เมื่อวันที่ 3 เมษายน 2014